Решается просто, нужно просто увелчить максимальный размер пакета, для этого нужно в конфигурационный файл добавить

max_allowed_packet=32M

Интересно, что по умолчанию, когда необходимо вначале забекапить а потом импортировать БД, довольно часто программы бэкапа делают все insert с помощью синтаксиса наиболее оптимального по производительности, то есть

insert into table (…) values (…),(….) … и т.д.

Поскольку многие таблицы могут быть очень большими, это приводит при таком синтаксисе к пакетам, большим по размер чем разрешено по умолчанию. Отсюда и ошибка.