после восстановления файловой системы fsck часть программ может работать неправильно или вообще не запускаться.

Например у меня не запускался LibreOffice, при этом в логах была ошибка

1
soffice.bin[3198]: segfault at 0 ip 00692a49 sp bfad98e0 error 4 in libsofficeapp.so[665000+6b000]

Вылечилось перенастройкой пакетов

1
dpkg --configure -a

До этого не запускалось даже обновление базы пакетов (aptitude update) и менее информативно не запускался менеджер обновлений